Luego de la difusión de dos zonas en las cuales se disputaría el certamen, se dio marcha atrás estableciéndose tres grupos para la temporada venidera. La Zona Litoral estará conformada por: Unión, Libertad, Sportivo Ben Hur, 9 de Julio, Patronato de Paraná, Gimnasia y Esgrima de Concepción del Uruguay, Boca Unidos de Corrientes y Real Arroyo Seco.
Inicialmente se había informado que iban a ser dos zonas, una de 12 y otra de 13 equipos en las cuales se jugaba con el sistema de «todos contra todos» a dos ruedas, clasificándose 10 equipos para las instancias de playoff y sucesivas en busca del ascenso a la B Nacional. Sin embargo, rápidamente, desde el Consejo Federal y a un mes y medio del inicio del certamen, se desechó.
Una vez que todo lo notificado oficialmente quedó anulado, se comunicó que la temporada 2008/09 del Argentino A contará con tres zonas, (dos de 8 equipos con interzonales y una de 9), comenzándose el torneo dos semanas después de lo inicialmente pautado, es decir, el 31 de agosto.
Solo restaría confirmar la forma de disputa, especulándose con que la primera fase sería todos contra todos a dos ruedas. Las dudas existen en cuanto a si se disputarán en la forma de Apertura y Clausura o será un solo torneo como en la temporada anterior, además tampoco se informó a través de esta modificación si habrá play off o solamente unos pocos clasificados al final de la temporada que jugarán por un lugar en la final por el ascenso como también lo fue en el torneo pasado.
Zona Sur (8 equipos):
Alte. Brown de Pto. Madryn, Cipolletti de Río Negro, Villa Mitre de Bahía Blanca, Huracán de Tres Arroyos, Santamarina de Tandil, Alvarado de Mar del Plata, Juventud de Pergamino y Rivadavia de Lincoln.
Zona Centro-Litoral (8 equipos):
Sp. Ben Hur de Rafaela, Unión de Sunchales, 9 de Julio de Rafaela, Libertad de Sunchales, Patronato de Paraná, Gim. y Esg. de Conc. del Uruguay, Boca Unidos de Corrientes y Real Arroyo Seco.
Zona Norte-Cuyo (9 equipos):
Talleres de Perico, Juventud Antoniana de Salta, Racing de Córdoba, Alumni de Villa María, Central Córdoba de Sgo. del Estero, Sp. Desamparados de San Juan, Gim. y Esg. de Mendoza, Dep. Maipú de Mendoza y Juventud Unida Universitario de San Luis.
